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Überempfindlichkeit
Bei bekannter Überempfindlichkeit gegen Trimethoprim sollte auf eine Behandlung verzichtet werden (Kroker 2002a).
Niereninsuffizienz
Von einer Anwendung bei bestehenden schweren Nierenfunktionsstörungen ist abzuraten (Kroker 2002a).
Störungen des hämatopoetischen Systems
Bei Schädigungen des hämatopoetischen Systems ist eine Anwendung von Trimethoprim kontraindiziert (Kroker 2002a).
Trächtigkeit und Neugeborene
Trotz der geringen Affinität von Trimethoprim zur Dihydrofolatreduktase bei Tier und Mensch wird von einer Applikation während der Schwangerschaft und bei Neugeborenen in der ersten Lebenswoche abgeraten (Schulz 1972a).
Legehennen
Da Trimethoprim die Legeleistung reduziert, sollte es nicht an Legehennen während der Eierproduktion verabreicht werden (Lindsay 2001a).