Die häufigsten Nebenwirkungen bei therapeutischen Dosierungen sind Konstipation und Blähungen. Selten kann ein paralytischer Ileus, ein toxisches Megacolon oder eine Pankreatitis auftreten (Plumb 1995a). Bei der Langzeitanwendung wurde von weichem Kot, blutigem Durchfall, Erbrechen und Gewichtsverlust berichtet (Allen 1993a). Bei akuten Enteritiden kann Loperamid die Verweildauer von Bakterien und Enterotoxinen im Darm verlängern und den Selbstreinigungsprozess des Darmes stören (Ungemach 2010d).
Bei Pferden mit akutem Durchfall kann Loperamid das Bakterienwachstum fördern, die Ausscheidung der Mikroorganismen verzögern, und so eine fieberhafte Erkrankung verlängern (Plumb 1995a).
Sedation ist eine häufige Nebenwirkung bei therapeutischen Dosierungen (Plumb 1995a).
Insbesondere bei Hunden mit einem homozygot mutierten MDR1 / ABCB1-Gen treten neurologische Symptome wie Hinterhandschwäche, Schwierigkeiten beim Kopfheben, Vokalisation, Überempfindlichkeit auf Geräusche, Übererregbarkeit, Ptyalismus, Desorientierung, Schwäche und Ataxie auf (Sartor 2004b).
Bei Katzen kann es zu Exzitationen kommen (Plumb 1995a).
Loperamid besitzt praktisch kein Suchtpotential mehr, da der Wirkstoff eine intakte Blut-Hirn-Schanke kaum überwinden kann. Er ist ein gutes Substrat für die MDR1 / ABCB1-Gen-exprimierte P-Glykoprotein-Effluxpumpe in den Endothelzellen der Hirnkapillaren und wird dadurch rasch wieder aus dem ZNS heraustransportiert (Ungemach 2010d).
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