Die häufigsten Nebenwirkungen sind gastrointestinaler Art und beinhalten Übelkeit, Appetitlosigkeit, Durchfall und Erbrechen. Es kann zu einer Überwucherung mit resistenten Darmbakterien oder -pilzen kommen. Im Falle von gastrointestinalen Ulzera oder einer Schädigung der Schleimhaut ist eine erhöhte systemische Absorption mit einer damit assozierte Nephrotoxizität, Ototoxizität oder Pankreatitis möglich (Budde 2023a).
Bei Katzen kann die Gabe von Paromomycin mit einer Blindheit, Ototoxizität und beeinträchtigten Nierenfunktion einhergehen (Budde 2023a).
Bei der Therapie der caninen Leishmaniose und einer Dosierung von 10 mg/kg täglich s.c. über 30 Tage konnten Nebenwirkungen nur in einem Hund mit vorbestehenden Nierenschäden beobachtet werden (Poli 1997a). Es besteht das Potenzial für ausgeprägte, dosisabhängige Nebenwirkungen ab einer Dosis von > 20 mg/kg s.c. (Noli 2014a; Vexenat 1998a).
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