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Flucytosin zusammen mit Amphotericin B führt zu einem Synergismus (Heit 1995a), welcher in-vitro bei Cryptococcus und Candida gezeigt werden konnte (Plumb 1999a; Heit 1995a). Die Kombinationstherapie ist erfolgreich, insbesondere bei der Behandlung der cryptococcalen Meningitis (Heit 1995a).
Ursache für diesen Synergismus ist die Erhöhung der Membranpermeabilität durch Amphotericin, was wiederum die Aufnahme von Flucytosin ins Zellzytoplasma vereinfacht (Heit 1995a).
Die Toxizität von Flucytosin wird bei dieser Kombination, aufgrund der durch Amphotericin B-verursachten Verminderung der Nieren-Clearance und der damit verbundenen Flucytosinakkumulation, erhöht. Falls sich eine klinisch signifikante Toxizität entwickelt, muss die Flucytosindosis angepasst werden (Plumb 1999a; Kroker 1999d).