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Trächtigkeit / Laktation
Obwohl bei Versuchen mit Ratten keine teratogenen Wirkungen festgestellt wurden, sollte der Einsatz bei trächtigen Tieren sorgfältig überlegt und wenn möglich vermieden werden (Plumb 1999a). Da sich Erythromycin auch in der Milch verteilt, sollte auf die Anwendung bei säugenden Tieren verzichtet werden (McEvoy 1992a).
Leber
Tieren mit vorhandenen Leberstörungen sollten nicht mit Erythromycinestolat behandelt werden (Plumb 1999a; McEvoy 1992a).
Hypersensibilität
Tiere mit einer Empfindlichkeit gegenüber Makroliden sollten nicht mit Erythromycin therapiert werden (Plumb 1999a; McEvoy 1992a).
Wiederkäuer
Nach oraler Gabe kann es zu schweren Durchfällen kommen (Plumb 1999a).
Pferd
Bei adulten Pferden ist der Einsatz von Erythromycin umstritten. Laut Plumb ist die Anwendung von Erythromycin sogar kontraindiziert, da es zu tödlichen Durchfällen kommen kann (Plumb 1999a). Bei Mutterstuten, deren Fohlen mit Erythromycin behandelt wurden, kam es zur akuten Kolitis. Durch Koprophagie des Erythromycin-haltigen Fohlenkotes wurde die Darmflora zerstört und nach Infektion mit Erythromycin-resistenten Clostridien (Clostridium difficile) erkrankten sie an akuter Kolitis. Auch kleine Dosen von Erythromycinethylsuccinat (unter 1,25 mg/kg) führten zu schwerer Kolitis (Stratton-Phelps 2000a). Stoppt man die Behandlung, kann ein letaler Ausgang unter Umständen verhindert werden (Spoo 1995a; Eisler 1996a).
Es sind aber Dosierungen bekannt, jedoch sollte der Einsatz stets abgewägt und die Tiere während der Therapie gut überwacht werden (Plumb 1999a; Robinson 1997a)